फलाहारी महाराज ने प्रधानमंत्री नरेंद्र मोदी को पत्र लिखकर ज्योतिषपीठ के शंकराचार्य स्वामी अविमुक्तेश्वरानंद सरस्वती के खिलाफ लगाए गए यौन उत्पीड़न के आरोपों की CBI जांच की मांग की है. उन्होंने आरोप लगाया है कि शामली का कुख्यात हिस्ट्रीशीटर आशुतोष पांडेय उर्फ आशुतोष ब्रह्मचारी ने शंकराचार्य को झूठे POCSO मुकदमे में फंसाने की साजिश रची है. फलाहारी महाराज ने आशुतोष पांडेय पर गौकशी, गैंगस्टर कनेक्शन, पूर्व में संत प्रेमानंद महाराज पर धन उगाही के आरोप, फर्जी हमला और पाकिस्तान से धमकी के नाटक जैसे पुराने कारनामों का जिक्र किया है. उन्होंने न्याय न मिलने पर ‘इच्छा मृत्यु’ की अनुमति मांगी है.
शंकराचार्य के साथ उनके शिष्य मुकुंदानंद पर भी FIR दर्ज हुई है. इन आरोपों पर शंकराचार्य के शिष्य मुकुंदानंद ने कहा कि गोली मार दो लेकिन ऐसा घृणित आरोप मत लगाओ.